قام الصراع بين علماء الطبيعة والكنيسة، في الغرب، كضرورة تاريخية، وذلك لأسلوب الكنيسة الذي انتهجته في ادعاء الانفراد بالمعرفة واحتكارها، وطريقتها القسرية في التدخل في كافة مجالات الحياة ومسالكها، إذ صبغت كل ذلك بصبغة ميتافيزيقية عقيمة، وحاولت أن تسكن كل متحرك في سبيل التقدم، رغم أنها لا تحرك فيه ساكناً ولأجل ذلك عمل العلماء جاهدين وحرصوا كل الحرص على تقويض النظام اللاهوتي. وقامت بعد نهاية الصراع المنهجية الوضعية التي تجاوزت الدين، ولم تقتد بغير الحس وعالم التجريب والمختبر، واستبعد الوحي كمصدر للمعرفة.