يرصد كتاب "محنة المسلمين في البلقان" المآسي التي عاشها المسلمون في تلك المنطقة، ولا سيما في البوسنة والهرسك، بعد سقوط الحكم العثماني وغياب الحماية الإسلامية عنهم. يتناول المؤلف جذور الصراع بين الإسلام والغرب، ثم يتتبع ما لاقاه مسلمو البلقان من اضطهاد وتطهير عرقي في ظل الصمت الدولي والعجز العربي والإسلامي. كما يعرض بأسلوب تحليلي لمحة تاريخية عن الفتح العثماني وسياسة التسامح التي ميزته، في مقابل الكراهية التي واجهها المسلمون لاحقًا، مركزًا على معاناتهم في يوغسلافيا وبلغاريا، قبل أن يفرد مساحة واسعة لأحداث البوسنة التي وثّقها لحظة بلحظة بوصفها إحدى أبشع المآسي الإنسانية المعاصرة.