هذه الموسوعة لا تدخل في إطار التحيزات المذهبية أو الدينية، وإنما يجرى التعامل مع قاموس المصطلحات الطائفية، مثل (سنّي) و(شيعي) و(ميليشيات) و(جماعات مسلحة) و(متمردون قوميون سنّة) و(سلفيون جهاديون) بوصفها مصطلحات أداتية مجردة من أي نزعة نابية كما أن هذه الدراسة ليست معنية بتصحيح أو تخطئة ما يندرج تحت تلك المصطلحات من تصورات دينية، أو إيديولوجية، فضلاً عن ذلك يحاول هذا العمل القيام بمراجعة جذرية للكثير من المفاهيم والتصورات السياسية، والسياقات التاريخية التي فقدت نجاعتها الرمزية والوصفية، حيث يعد المخبر العراقي ما بعد العام 2003 نقطة تحول قصوى في تطوير المفاهيم السياسية، وسوف يدفع الباحثين إلى إعادة النظر في الأجهزة المفاهيمية والمقولات الجاهزة لا سيما في ما يتعلق بالهوية (الهويات) والطوائف والأقليات والنزاع الأهلي في العراق.