يعد كتاب المقاييس أو معجم مقاييس اللغة من أواخر مؤلفات ابن فارس وهو كتاب جليل لم يصنف مثله باعتراف كثير من علماء اللغة، ذلك أن مؤلفه اتبع فيه منهجاً جديداً، يختلف عن مناهج مؤلفي المعاجم الذين سبقوه، فهو يقسم مواد اللغة إلى كتب تبدأ بكتاب الهمزة وتنتهي بكتاب الياء، ثم يقسم كل كتاب إلى ثلاثة أبواب، باب الثنائي والمضاعف، وباب الثلاثي الأصول، وباب ما جاء على أكثر من ثلاثة أحرف أصلية.
بالإضافة إلى ذلك فقد ابتدع إبن فارس منهجاً مختلفاً في ترتيب مواد الكتاب، - معجم مقاييس اللغة – وهو ألا يبدأ بعد الحرف الأول إلا بالذي يليه ولتوضيح ذلك يورد محقق الكتاب "إبراهيم شمس الدين" المثال التالي: "هو يبدأ بكتابة الهمزة، وباب الثلاثي مما أوله همزة وباء، بترتيب طبيعي على نسق حروف الهجاء، غير أنه في باب الهمزة والتاء وما يليهما لا يبدأ بـ "أتب" بل يبدأ بالحرف الذي يلي حرف التاء أي "أتت" ثم يتابع حتى انتهاء حروف الهجاء، ثم يعود إلى "أتب" ليضعها في آخر الباب.
وفي كتاب الشين، باب المضاعف والمطابق يبدأ بـ "شص"، ثم "شط" ، ثم "شظ" ، ثم "شع" وهكذا حتى انتهاء حروف الهجاء، ثم يعود إلى "شب" و "شت" و "شث" و "شج" ، "شح" (...) وينتهي في هذا الباب بـ "شس" وهكذا في بقية أجزاء المعجم ...
وأخيرا ضم الكتاب فهرساً مفصلاً لكل مواده مرتباً ترتيباً ألفبائياً، وذلك حسب المناهج الحديثة في التأليف المعجمي، بحيث إذا أراد الطالب، أو الباحث في علوم الدين أن يجد المادة المطلوبة ما عليه إلا العودة إلى الفهرس الذي يرشده بكل سهولة إلى مكانها ...