رغم محاولات محمّد علي باشا إحكام قبضته على اليمن، إلا أنه واجه الكثير من العقبات الداخلية والخارجية، تمثلت الداخلية منها بتمرد القبائل ضدّه طيلة مدّة حكمه، أما الخارجية؛ فقد تمثلت برفض بريطانيا حكم محمّد علي باشا، والتحالف مع الدولة العثمانية والدول الأوربية ضدّه عام 1840م، والذي أنهى الحكم المصري في اليمن نهائياً. إن دراسة تاريخ مصر في بُعده الإقليمي والدولي في أثناء القرن التاسع عشر الميلادي، يعدّ من الدراسات الجادة والمهمة، لما لمصر من مكانة عالية، ودور متميز في تاريخ المنطقة العربية، والشرق بامتدادته، على الرغم من كونها ولاية تابعة للدولة العثمانية، فقد بقيت بموقعها الجغرافي المتوسط بين الولايات العربية في المشرق والمغرب تؤدي دوراً مهماً في الاتجاهات السياسية العامّة للدولة العثمانية، إذ اعتمدت عليها شبه الجزيرة العربية بشكل عام، واليمن على وجه التحديد، من أجل القضاء على الحركة الوهابية التي اشتد خطرها في تلك المناطق بعد سيطرتهم على الحجاز وشمال اليمن، وإعلانهم إنهاء السيادة العثمانية في شبه الجزيرة العربية. لم يُغفل العثمانيون أهمّيّة اليمن في صراعهم مع البرتغاليين، لذلك خرجت من مصر حملات متعددة، للسيطرة على اليمن، ودخل العثمانيون في صراع طويل مع أئمّتها، ولكن هذا الصراع تحول فيما بعد إلى تعاون بين العثمانيين وإمام اليمن المتوكل على الله أحمد (1809 – 1815م). قام السلطان العثماني بتكليف واليه على مصر محمّد علي باشا (1805 – 1848م) لإرسال حملة عسكرية لمحاربة الحركة الوهابية، وعندما شرع بذلك، كان اليمن حاضراً في ذهنه ومشاريعه التّوسّعية، واتخذه أحد محاور الصراع، ولا سيّما بعد قضائه على الحركة المذكورة في الحجاز ونجد، ولجوء أتباع هذه الحركة إلى شمال اليمن، ونجاح محمّد علي باشا في مواجهتهم، وبسط سيطرته على شمال اليمن من أثناء الحملات التي أرسلها ضدهم، ولكنه عانى من تمرد القبائل في شمال اليمن وعسير، ولم يستقر الحكم المصري هناك إلا بين عامي (1835-1839م)، ولم يدم لها ذلك؛ إذ انسحبت القوّات المصرية في عام 1840، والذي كان للتدخل البريطاني دور في ذلك.