تنقسم هذه الموسوعة إلى مجلدين، يحتوي كل منهما على ثلاثة أجزاء على النحو التالي: المجلد الأول: إشكاليات تتصل بالنظرة إلى الجماعات الهودية، الجزء الثاني: ثقافات الجماعات اليهودية. الجزء الثالث: تواريخ الجماعات اليهودية.
المجلد الثاني: الجزء الأول: اليهودية- المفاهيم والفرق، الجزء الثاني: الصهيونية، الجزء الثالث: إسرائيل.
يوجد في بداية كل مجلد فهرس موضوعي بالأجزاء والملفات والمداخل، ومواد المجلدين مرتبة ترتيباً منطقياً بحيث يمكن قراءة الموسوعة ككتاب.
يضم كل جزء عدة ملفات، ويضم كل ملف بدوره عدداً من الداخل تدور حول موضوع محدد. فالجزء الأول من المجلد الثاني، على سبيل المثال، يضم واحداً وثلاثين ملفاً، الخامس منها عنوانه "الكتب المقدسة والدينية" ويضم المداخل التالية: الكتب المقدسة والدينية- أسفار موسى الخمسة- الوصايا العشر- تفسير العهد القديم- نقد العهد القديم- الأنبياء والنبوة- أنبياء اليهود.
كما أنه يوجد فهرس ألفبائي بكل مداخل الموسوعة في نهاية المجلد الثاني. يوجد في بداية المجلد الأول ثبت بالمفاهيم والمصطلحات الأساسية مرتبة موضوعياً حسب تسلسلها المنطقي. وهذا الثبت يشكل الإطار النظري لكل مداخل الموسوعة. ولذا، فإننا ندعو القارئ إلى ان يقرأه بعناية قبل البدء في قراءة الموسوعة أو استخدامها.
كما أوردنا قبل الثبت الموضوعي ثبتاً ألفبائيا بكل المفاهيم والمصطلحات، وأوردنا بعد كل مفهوم أو مصطلح الرقم الخاص به، بحيث يسهل على القارئ الرجوع إلى المصطلح أو المفهوم اعتمادا على الرقم. فإذا كان القارئ يبحث، على سبيل المثال، عن معنى مصطلح "الطبيعة/ المادة" فإنه سيجده تحت حرف الطاء في الثبت الألفبائي، وبجواره رقم (13)، فيذهب إلى المدخل رقم (13) في الثبت الموضوعي.