جمع السيد محمد باقر الحكيم في (علوم القرآن) محاضرات كان قد ألقاها على طلبة كلية أصول الدين في بغداد العام (1964م) إلتزم فيها بالمنهج العلمي والموضوعية في القضايا ذات الطابع المذهبي ومراعاة المستوى العلمي المطلوب لطلاب الكليات المختصة بالشريعة وفي الحوزات والمدارس الدينية التقليدية، والأخذ في الكتابة من الإسلام الصحيح الأصيل المستنبط من القرآن الكريم، هذا مع إضافة موضوعات مهمة أو تكميلها - في هذه الطبعة - مثل موضوع "نزول القرآن باللغة العربية" و "الهدف من نزول القرآن" و "التفسير بالرأي" و "مرجعية أهل البيت الفكرية" و "التفسير عند أهل البيت" وبعض الموضوعات ذات العلاقة بالقصص القرآني وغيرها من الإضافات المهمة.

وعليه، انقسمت موضوعات الكتاب إلى أربعة أقسام تشتمل على موضوعات عامة حول القرآن وأبحاث حول بعض الخصائص كالمحكم والمتشابه والنسخ، وكذلك معالجة بعض الشبهات المهمة التي أثيرت حول القرآن الكريم، مروراً بموضوع (التفسير والمفسرون) كأبحاث معنى التفسير، والتأويل، وشروط المفسر، والتفسير بالرأي، وتاريخ التفسير والتفسير الموضوعي" تعريفه وأهميته وميزته الرئيسية. وأخيراً بحث "في القصص القرآني" ، و "الحروف المقطعة في أوائل السور القرآنية" و "خلافة الإنسان".