بعد مرور حوالي قرن من مشكلة جنوب السودان، برزت مدرستان فكريتان حول مسببات المشكلة والأبعاد السياسية والحلول المناسبة لها. تؤمن المدرسة الأولى بأن مشكلة جنوب السودان نزاع سياسي تعود جذوره إلى الاختلافات الاجتماعية والسياسية بين الجنوب والشمال، ويجب أن تحل في ظل وحدة السودان، مع الأخذ بعين الاعتبار ضرورة تغيير نهج ومسار العلاقات السياسية والاجتماعية بين الجنوب والشمال، لتتناسب مع مستوى التغييرات التي حدثت في البلاد منذ الاستقلال. ولا تؤمن هذه المدرسة بتغيير نظام الحكم في البلاد وحسب بل والهوية السياسية في السودان برمته.
ويعتبر مناصرو هذه المدرسة أن هذا التغيير يجب أن يكتمل بتأسيس الدولة السودانية الجديدة وبهوية جديدة لا تميز بين السودانيين.
أما المدرسة الجنوبية الثانية فتتفق مع المدرسة المذكورة أعلاه بعمق المشكلة وبجذورها التاريخية والسياسية والاجتماعية، لكنها ترى  أن الساسة الشماليين الذي أخذوا بزمام الأمور أو السلطة من المستعمر البريطاني فشلوا في حكم البلاد وإيجاد الحلول المناسبة والعادلة لمشكلة الجنوب. ويرى مناصرو هذه المدرسة أن الحل، بعد فشل كل الحلول لوقتية التي جرّبت، هو انفصال الجنوب عن الشمال.