فمشاكل التزوير والغش والرشوة وتسهيل منح الشهاداث، وضعف المناهج والبرامج، وضعف الرواتب، وتخلف الإدارة، وضعف مستوى العديد من الأساتذة، وتبعية الجامع... ات ومسؤولييها، وضعف أو غياب التخطيط، وتسييس الجامعة، واحتفار العلم والعلماء والمربين.. متواجدة إلى حد التفشى