قسم الدكتور فاروق حمادة (حفظه الله) كتابه "منهج البحث في الدراسات الاسلامية تأليفاً وتحقيقاً" إلى قسمين اثنين، فخص الأول منهما لمنهج البحث والتأليف، فخصص له فصلين، استهل الأول بالحديث عن توسع الدراسات الإسلامية في الزمان والمكان والموضوع، وأشار إلى مقاصد التأليف وغاياته وإلى خطوات البحث مضموناً وشكلاً، فدعا الباحث إلى تقسيم البحث وإحكام خطته، وجمع المعلومات بوعي وبصيرة،وأن يداوم على إحكام النظر فيها وترتيبها وصياغتها، وأن يلتزم الأمانة في نقل الأفكار وعزوها، بتوخي الفهم الصحيح للنصوص وتحديد مدلولاتها والرجوع في كل علم إلى أهله مع التزام النقد النزيه المتزن.

وفي الفصل الثاني من منهج البحث، فرسم الخطوات الشكلية والجمالية لفن التأليف، منبها الباحثين إلى ضرورة سلامة الأسلوب وجماله، وضبط النص بالشكل والإعجام وعلامات الترقيم، كما أشار إلى ضرورة ضبط القراءات القرآنية، ونصح بحسن الاقتباس وعدم الاستطراد، والتزام المصطلحات المتداولة مع كتابة الكلمات الأعجمية باللغة التي أقتبست منها ووضع لائخة للمصادر والمراجع، وصنع الفهارس والكشافات جاعلا في إخراج حسن ومثير مع وضع ملخص جامع، فيما أفرد القسم الثاني لمنهج التحقيق وبعث التراث.